Sagen lå nu stille nogle år. Men i 1733 dukkede den op igen. Dette år anklagede sognepræsten og byfogeden nemlig kirkeværgen, Jørgen Vederking, for at have handlet egenrådigt og kun med tanke på egen vinding frem for at varetage kirkens bedste. Blandt andet mente de, at han havde brugt kirkens penge på at købe alt for mange og alt for dyre byggematerialer og andre ting, som kirken slet ikke havde brug for.

De anklager fik Vederking til blækhuset. Han indberettede straks til stiftsøvrigheden, at sognepræsten havde ladet 7-8 børn og kapellanen 2 hustruer begrave i sakristiet uden at betale til kirken. Vederking regnede sig frem til, at kirken derved var gået glip af en indtægt på 110 rigsdaler. Samtidig mindede han myndighederne om, at den tidligere kirkeværge, Christian Pedersen Bøgvad, havde efterladt kirken med stor gæld. Efter Vederkings mening havde Bøgvad kun fået lov at virke som kirkeværge, fordi han så gennem fingre med, at der ikke blev betalt for begravelserne. Når sognepræsten og byfogeden nu fremsatte anklager mod Vederking skyldtes det efter hans mening udelukkende “had og misundelse”, fordi han ikke ville tie om begravelserne og forskellige andre uregelmæssigheder. Vederking truede ligefrem med at forlade posten som kirkeværge, “så kan de tage en, som de kan få det med, som de vil have det”.

Vederking fortsatte dog som værge. Myndighederne opfordrede de stridende parter til fremover at sætte deres egne private stridigheder til side og i stedet sørge for kirkens bedste. Hvordan stemningen var, når parterne de følgende år stødte på hinanden i den lille bys gader, kan man kun gisne om.

Pudsigt nok anmodede Vederking  i 1742 selv om gratis begravelse i kirken til gengæld for sit lange virke som kirkeværge, og fordi han allerede havde brugt mange penge på at betale for gravsteder til sine familiemedlemmer. En gennemgang af regnskaberne viser, at der var tale om mindst ni børn og to hustruer i årene 1698-1734, og Vederking opgjorde selv sine udgifter til over 120 rigsdaler. Det var en bekostelig affære, at få sin familie gravsat på passende vis – og vel også derfor en sag, som kunne give anledning til stridigheder.

De vidtløftige skænderier om kirkens pengesager kan følges i detaljer i kirkens regnskabsprotokol for 1716-88 (Landsarkivet for Fyn, Bogense Kirkeinspektion).

I 1700-tallet var der fire murede krypter under kirkegulvet. De to lå under koret, de to andre i hver korsarm. Her kunne de familier, som havde ejerskab til krypterne, lade kisterne med deres afdøde slægtninge placere. For eksempel blev krypten under søndre korsarm benyttet af tolder og kirkeværge Christian Pedersen Bøgvad (læs om den farverige kirkeværge her http://kirkeblog.natmus.dk/en-kirkevaerges-mindesmaerker.html), som mente at have opnået ret til dette gennem sit ægteskab med enken efter kryptens tidligere ejer, borgmester Hans Jørgensen. Hvis der ikke længere var nogen ejer til krypten, rengjorde kirken den og lod de gravsattes knogler samle i en såkaldt benkiste. Derpå kunne krypten sælges til en ny familie.

Det var imidlertid en bekostelig affære at blive begravet inde i kirken, og følgelig kun de velstillede borgere forundt. Alle andre – og det vil sige det store flertal af byens indbyggere – måtte nøjes med kirkegården, hvor betalingen var beskeden, og de fattigste fik jorden gratis.

Dyrest var det at blive begravet i kirkens kor. Prisen for en grav tæt ved alteret var dobbelt så høj, som prisen for en grav i den østlige del af midterskibet, og fem gange så høj som for en grav i midterskibets vestlige del. I korsarmene var taksten en tredjedel af korets. I lyset af dette er det måske ikke overraskende, at de mest populære steder at få sine slægtninge nedsat var netop i korsarmene samt i vestenden af kirken nær døbefonten. Her kunne man sikre sine pårørende en plads inden for kirkens skærmende mure, men dog til en pris, der var overkommelig for borgerskabet. Et typisk år er 1715, hvor børn af Hans Bager (både en datter og en søn), Mads Farver, Lars Hjort og Jørgen Vederking blev gravsat under gulvet i det såkaldte kvindekapel, dvs. den nordre korsarm. Det følgende år måtte Lars Hjort begrave endnu et barn, og det samme måtte Hans Henriksen. Ud over at berette om datidens begravelseskultur vidner kirkeregnskaberne også om tidens store børnedødelighed.

Skikken med at lade afdøde familiemedlemmer begrave i kirken klingede ud i slutningen af 1700-tallet. På dette tidspunkt begyndte man at betragte de indendørs begravelser som uhygiejniske og sundhedsfarlige, og i 1805 blev de endelig forbudt ved lov. Herefter var alle henvist til at lade sig begrave på kirkegården. I Bogense blev de sidste gravkrypter tømt for deres indhold af kister i 1820 og derpå fyldt op med sten og grus.